No início da década de 40, Três Corações já era uma das maiores cidades de sua região, porém não possuía um hospital para atender  àdemanda do município e região. Em Janeiro de 1941, um grupo de cidadãos reuniu-se, e resolveram criar duas comissões para dar início aos trabalhos de fundação jurídica e arrecadação de fundos para a construção de um hospital na cidade. Após dois anos da mencionada reunião foi inaugurado o hospital em 21 de Janeiro de 1943. A gestão hospitalar ficou a cargo de uma congregação católica, as pequenas Missionárias do Imaculado Coração de Maria. Após 30 anos de sua inauguração, no início da década de 70 a congregação religiosa deixou de dirigir o hospital. Após este fato, houve algumas diretorias transitórias, até que uma nova personalidade jurídica Fundação Hospitalar São Sebastião – surgiu em novembro de 1978, corporificando o patrimônio da entidade anterior.